RをJupyter Notebookで利用する

ブログの施策をGithub管理したいと考えていたので、RからJupyter Notebookをいじりたい。Issueたてて施策リスト管理とかよさげだしね。データのレポーティングとかもしやすい。バッジ処理とかも今後していきたいし。

環境

• Windows10
• Windows Subsystem for Linux(Bash)がインストール済み
• RStudioインストール済み

Rの環境構築

bash上でRの環境構築を行う。

$ sudo apt-get install r-base-core #Rのインストール
$ R #Rを起動

R Kernelのインストール

Jupyter notebookを利用して、R Kernelを利用するためのもろもろのセットアップを行う。

$ install.packages(c(‘repr’, ‘IRdisplay’, ‘evaluate’, ‘crayon’, ‘pbdZMQ’, ‘devtools’, ‘uuid’, ‘digest’))
$ devtools::install_github(‘IRkernel/IRkernel’)
$ IRkernel::installspec()
[InstallKernelSpec] Installed kernelspec ir in /home/usr/.local/share/jupyter/kernels/ir

Jupyter Notebookの起動

後はbashからjupyter notebookを起動する

$ jupyter notebook

起動してから、NewをクリックするとRカーネルが使えるようになった。

躓いたところ

$ install.packages(c(‘repr’, ‘IRdisplay’, ‘evaluate’, ‘crayon’, ‘pbdZMQ’, ‘devtools’, ‘uuid’, ‘digest’)) をしたときに、以下のようなエラーが出た。

警告メッセージ:
1: install.packages(c(“repr”, “IRdisplay”, “evaluate”, “crayon”, で:
パッケージ ‘curl’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
2: install.packages(c(“repr”, “IRdisplay”, “evaluate”, “crayon”, で:
パッケージ ‘httr’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
3: install.packages(c(“repr”, “IRdisplay”, “evaluate”, “crayon”, で:
パッケージ ‘gh’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
4: install.packages(c(“repr”, “IRdisplay”, “evaluate”, “crayon”, で:
パッケージ ‘usethis’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
5: install.packages(c(“repr”, “IRdisplay”, “evaluate”, “crayon”, で:
パッケージ ‘devtools’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました

解決策

ここでcurlなどのパッケージがインストールされていないのが問題っぽいので、以下bashからインストールすればOK

$ sudo apt-get install libxml2-dev
$ sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

参考